Stefan Müller zog 2002 erstmalig in den Bundestag ein. Von Dezember 2013 bis Oktober 2017 war er Parlamentarischer Staatssekretär bei der Bundesministerin für Bildung und Forschung. Neben seinem Mandat hat er zudem das Amt des Parlamentarischen Geschäftsführers der CSU im Bundestag inne.